Protoctistas
O estudo da importância alimentar dos protoctistas estaria focado principalmente nas algas comestíveis, mas possivelmente poderia englobar também a importância do fitoplâncton como a base da cadeia alimentar marítima, e também a utilização das algas para outros fins, não necessariamente ligados diretamente a alimentação, pois várias são úteis também como fonte de materiais diversos para a indústria.
Um artigo introdutório básico:
http://educacao.uol.com.br/biologia/algas-1-a-importancia-ecologica-e-economica-das-algas.jhtm
Sobre conteúdo nutricional das algas
http://www.vilasaude.com.br/fcf-estuda-potencial-alimentar-de-algas-do-sudeste-do-brasil/
Nome e descrição de algumas algas comestíveis
http://www.iswari-comidaviva.com/2009/08/algas.html
Fungos
Para os fungos, o artigo da wikipédia está bem completo, contendo informações dos vários temas de interesse sobre os fungos. Mesmo assim, recomendo que uma vez tendo localizado os principais tópicos, sempre ampliem a busca em mais fontes, utilizando também as referências presentes no final dos artigos.
http://pt.wikipedia.org/wiki/Fungi
Bactérias
Para as bactérias e todas suas relações com o ser humano, o artigo da wikipédia apresenta uma boa base para iniciar a pesquisa, mas recomendo que, uma vez tendo localizado os principais tópicos de interesse, sempre ampliem a busca em mais fontes, utilizando também as referências presentes no final dos artigos.
http://pt.wikipedia.org/wiki/Bact%C3%A9rias
Esse artigo traz algumas informações sobre as áreas em que as bactérias são importantes. Particularmente, seu papel como fixadoras de nitrogênio nas raízes de leguminosas pode ser explorado pelo grupo que estuda o papel das bactérias na alimentação.
http://www.brasilescola.com/biologia/importancia-bacterias.htm